Ответ в теме: Что скрывается за термином «Скрипт-инжект»?

Скрипт-инжект легко обнаружить через регулярные сканирования сайта на наличие неавторизованных скриптов — используй сервисы типа Sucuri или Wordfence для WordPress. В моей практике один клиент не заметил подмену скрипта на конкурентском сайте до тех пор, пока не заметил резкое падение трафика — проверяйте логи сервера на подозрительные запросы.