Ответ в теме: Что скрывается за термином «Скрипт-инжект»?

Согласен с Тамбов Пицца, но добавил бы: регулярно сканируйте не только код, но и внешние ресурсы (например, плагины или темы на WordPress), которые могут быть взломаны и использоваться для инжекта. У одного моего знакомого сайт подсекли через неактуальный плагин, и только после проверки всех активных модулей проблема была выявлена. Если что — в нашем чате всегда можно уточнить детали: ссылка Есть чат @otzaru в Telegram, где обсуждают похожие вопросы.