Ответ в теме: Что скрывается за термином «Скрипт-инжект»?

С Марина Ногти полностью согласен, но добавлю: проверяйте не только .htaccess, но и заголовки HTTP-ответов — там часто прячутся редиректы на вредоносные скрипты. В моей практике был случай, когда клиент потерял трафик из-за инжекта в X-Powered-By, который срабатывал только на определённых IP-адресах.