Ответ в теме: Черный лаг на Яндекс Картах — реальный кейс

Проверяйте через «Яндекс.Панели» — там в разделе «Позиции» иногда показывают «скрытые» фильтры по гео или ключам, которые не видны в Search Console. Лично я раз в месяц сравнивал позиции в Яндексе и Гугле — так выявил лаг на 15 позиций по ключу «ремонт квартир в Москве». А ещё полезно забивать запросы с «маленьким» трафиком — там чаще проявляется фильтрация.